L’istituto scolastico nasce come Scuola Media Paolo VI nel 1980, con sede presso la Parrocchia San Michele in via Odescalchi 10 – Rho (MI). Nel 1981 ottiene la parifica. Nel 1993 viene aperta una sezione staccata presso la Parrocchia San Giovanni in via Diaz 40 – Rho (MI). Nel 2001 la sede unica della Scuola diventa la Parrocchia di San Giovanni in via Diaz 40 – Rho (MI).
La gestione è affidata alla Cooperativa Paolo VI ONLUS, da cui riceve l’ispirazione culturale; nello stesso anno, ai sensi della legge 62/2000 ha ottenuto la qualifica di scuola paritaria ed assunto la denominazione di Scuola Paolo VI – Secondaria di Primo Grado Paritaria con decreto del Ministero della Pubblica Istruzione del 28/02/2001 n.26329.
La scuola Paolo VI è Scuola Cattolica come riconosciuto dal Decreto della Curia arcivescovile di Milano datato 11 maggio 1993.
Il progetto educativo trae ispirazione dalla tradizione cattolica ma la nostra Scuola è aperta a tutti gli studenti e alle famiglie che ne condividono gli obiettivi educativi.